Системное администрирование

Этот файл используется движком InnoDB для хранения таблиц, при этом все таблицы хранятся в одном файле, что очень неудобно.

Для активации разделения баз данных по разным файлам используется следующая опция в my.cnf (добавлять в блок [mysqld]):

innodb_file_per_table

После этого необходим рестарт СУБД:

/etc/init.d/mysqld restart

Все, теперь все вновь создаваемые InnoDB таблицы будут создаваться в отдельных файлах внутри папок с именами баз данных (с расширением .ibd, причем и индексы и данные лежат вместе).

Источник http://phpsuxx.blogspot.com/2010/01/c-ibdata1-mysql.html